Чтобы убрать index.php из url нужно сделать следующее: 1) Зайдите в админку Joomla: Общие настройки --> Настройки SEO --> Перенаправения URL - поставьте ДА.
2) Проверьте чтобы был .htaccess файл. Если у Вас .htaccess.txt - переименуйте его в .htaccess