Cpanel - пропали почтовые ящики на сервере

Если пропали почтовые ящики на сервере, но сами директории с письмами существует - то нужно проверить наличие записей в файлах:

/home/user1/etc/domain.com/shadow
/home/user1/etc/domain.com/passwd

Обычно в shadow - затираются записи для почтовых аккаунтов.