MySQL - ошибка Native table 'performance schema'.'session variables' has the wrong structure

Ошибка:

 mysqli_query(): (HY000/1682): Native table 'performance_schema'.'session_variables' has the wrong structure

может возникать после обновления mysql на новую версию. Решение - запустить mysql_upgrade и перезапустить mysql сервер:

# mysql_upgrade
# systemctl restart mysqld